Jaka jest etymologia powiedzenia jak bonie dydy?

Dzień dobry,
bardzo zależy mi na wyjaśnieniu sporu dotyczącego stosowania wyrażenia Wasza Magnificencja i Jego Magnificencja w liście wysokiego urzędnika państwowego na inaugurację roku akademickiego. List odczytany jest na uroczystości inauguracji.
Przytaczam sporny fragment:

Wasza Magnificencjo,
Wysoki Senacie,
Szanowna Społeczności Akademicka,
dziękuję za zaproszenie na inaugurację roku akademickiego 2018/2019 w Wyższej Szkole Handlowej w Radomiu. W dniu, w którym uroczyście rozpoczynacie Państwo kolejny etap działalności Uczelni, pragnę przekazać Jego Magnificencji, Wysokiemu Senatowi, kadrze naukowo-dydaktycznej i wszystkim, którzy współtworzą społeczność akademicką, wyrazy szacunku i zapewnienia o mojej pamięci.

Wątpliwość dotyczy wyróżnionych wyrazów. Według mnie zaimek Jego stosujemy tylko wtedy, gdy mówimy o rektorze podczas jego nieobecności, natomiast w sytuacji, w której odczytywany jest ten list, gdy na sali siedzi rektor, w tekście listu także powinno być pragnę przekazać Waszej Magnificencji…

Czy się mylę? Czy możliwa jest taka interpretacja, że w tytule zwracamy się do poszczególnych osób i grup, a w tekście mówimy o nich w trzeciej osobie?
Dodam jeszcze, że w dalszej części listu stosujemy zwrot Szanowni Państwo, życzę…
I jeszcze jedno pytanie: wiem, że powinno się zwracać Magnificencjo lub Panie Rektorze.
Czy zwrot w liście Magnificencjo Panie Rektorze lub Magnificencjo Księże Rektorze jest błędem?
Z góry dziękuję za odpowiedź.
Z poważaniem
Czytelniczka